Stéphane Béreux supervised by MM, M. Berland (MGP, INRAE), S. Fromentin (MGP, INRAE) Title: Modéliser et prédire les modifications microbiennes associées à l’émergence de maladies. EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2018 - 2020
Antoine Bichat supervised by MM, C. Ambroise (LaMME, UEVE), J. Plassais (Enterome) Title: Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles. EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2016 - 2019
Meryl Vila Nova supervised by MM, N. Radomski (Anses), M.-Y. Mistou (Anses), P. Bessière (INRA) Title: Automatic method of bacterial typing by pangenome and allelic variants from high throughput sequencing Université Paris-Est,
Thesis:
2014 - 2017
Paul Bastide (now at KU Leuven) supervised by MM, S. Robin (INRA, AgroParisTech) Title: Processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l’évolution adaptative sur des phylogénies EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
Master's Students
2019
Léonard Dubois supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA) Title: Benchmark in-silico des méthodes de détection d’abondance différentielle en métagénomique: Application au cas du microbiote intestinal Master 2 GENIOMHE, Université Paris Saclay
Thesis:
Clément Hardy supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA) Title: Exploration des méthodes d’analyse de données compositionnelles pour l’étude du microbiome Master 1 Mathématiques Appliquées, Université Paris Saclay
Thesis:
2017
Julie Lao supervised by MM, S. Schbath (MaIAGE, INRA) Title: Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystèmes microbiens à partir de données métagénomiques Master 2 , Université Paris Diderot
Thesis:
2014
Paul Bastide supervised by MM, S. Robin (MIA - AgroParisTech, INRA) Title: Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies. Master 2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant, Université Paris Saclay
Thesis:
2012
Adrien Pain supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA) Title: Mise au point d’un pipeline de typage bactérien par approche pangénomique Master 2 Biologie Informatique, Université Paris Diderot
Thesis:
2012
Camille Blin supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA) Title: Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques Master 2 Biosciences, ENS Lyon
Thesis: