Teaching and Supervising

Teaching

Master Level

2024-2026
Master AIRE
Université Paris Cité and Learning Planet Institute
Statistics and Data Science (30h / year)
Lecture slides
2015-2017
Master Ingénierie Statistique et Génomique
Université Paris Saclay
Modèle d'évolution (18h / year)

Bachelor Level

2024-2025
École d'ingénieurs Denis Diderot
Université Paris Cité
Biologie pour la planète (6h / year)
Support de cours
2010-2022
Licence Frontières du Vivant
Centre de Recherche Interdisciplinaire
Mathématiques pour les Sciences du Vivant (50h / year) Supports de cours

Summer School

2021-Present
Shandong University Statistical Summer School
Shandong University (Weihai, China)
Introductory Statistics (16h)
Lecture slides

Workshops (École Chercheurs)

Fall 2022
Journées d'études en statistiques 2022
Villa Clithya (Fréjus, France)
Données de composition
Lecture slides
2021-Present
École chercheurs JC2BIM3
Forges-les-Eaux (France)
Inferential Statistics, Network analysis and Multiple Testing
Lecture slides

Supervising

PhD Students

2024 - 2027
Juliette Francis
supervised by MM, Y. Le Cunff (IRISA, Univ. Rennes), Q. Le Graverand (ENVT)
Title: Intégration de données hétérogènes pour la prédiction de phénotype
MATISSE, Université Rennes
Thesis:
2023 - 2026
Solène Pety
supervised by MM, A. Rau (GABI, INRAE), I. David (GENPHYSE, INRAE)
Title: Méthodes hologénomiques pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques
ABIES, Université Paris Saclay
Thesis:
2022 - 2025
Juliette Carpentier
supervised by MM, C. Mougel (IGEPP, INRAE), S. Deroscles (ECOBIO, Univ. Rennes)
Title: Le microbiote au coeur des interactions Brassica napus x Delia radicum.
EGAAL, Université Rennes
Thesis:
2021 - 2022
Stéphane Béreux (now CTO of Jimini.ai)
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRAE), S. Fromentin (MGP, INRAE)
Title: Modéliser et prédire les modifications microbiennes associées à l’émergence de maladies [dropped to create a startup].
EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2018 - 2020
Antoine Bichat (now at Spotlight Medical)
supervised by MM, C. Ambroise (LaMME, UEVE), J. Plassais (Enterome)
Title: Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles.
EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2016 - 2019
Meryl Vila Nova (now at Anses)
supervised by MM, N. Radomski (Anses), M.-Y. Mistou (Anses), P. Bessière (INRA)
Title: Automatic method of bacterial typing by pangenome and allelic variants from high throughput sequencing
Université Paris-Est,
Thesis:
2014 - 2017
Paul Bastide (now at MAP5)
supervised by MM, S. Robin (INRA, AgroParisTech)
Title: Processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l’évolution adaptative sur des phylogénies
EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:

Master's Students

2025
Youna Maillié
supervised by MM, S. Pety (MaIAGE, INRAE), A. Rau (GABI, INRAE)
Title: Ingénierie logicielle et généricité d’un cadre de simulation hologénomique transgénérationnelle, suivi d’une analyse des effets thermiques in silico sur l’holobionte bovin
Master 2 AMI2B, Université Paris Saclay
Thesis:
2024
Juliette Francis
supervised by MM, Y. Le Cunff (IRISA, Univ. Rennes), Q. Le Graverand (ENVT)
Title: Explorations des méthodes d’intégration précoce (early integration) dans l'objectif de prédiction (ou de classification de catégories d’efficience alimentaire)
Master 2 Bioinformatique, Université de Rennes
Thesis:
2019
Léonard Dubois
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA)
Title: Benchmark in-silico des méthodes de détection d’abondance différentielle en métagénomique: Application au cas du microbiote intestinal
Master 2 GENIOMHE, Université Paris Saclay
Thesis:
2018
Sana Zhagouani
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA)
Title: Fouille de données pour l'exploration du lien entre microbiote intestinal et santé
Ecole Supérieure de la Statistique et de l’Analyse de l’Information, Projet de Fin d'Étude
Thesis:
2018
Clément Hardy
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA)
Title: Exploration des méthodes d’analyse de données compositionnelles pour l’étude du microbiome
Master 1 Mathématiques Appliquées, Université Paris Saclay
Thesis:
2017
Julie Lao
supervised by MM, S. Schbath (MaIAGE, INRA)
Title: Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystèmes microbiens à partir de données métagénomiques
Master 2 , Université Paris Diderot
Thesis:
2014
Paul Bastide
supervised by MM, S. Robin (MIA - AgroParisTech, INRA)
Title: Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies.
Master 2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant, Université Paris Saclay
Thesis:
2012
Adrien Pain
supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA)
Title: Mise au point d’un pipeline de typage bactérien par approche pangénomique
Master 2 Biologie Informatique, Université Paris Diderot
Thesis:
2012
Camille Blin
supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA)
Title: Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques
Master 2 Biosciences, ENS Lyon
Thesis: