Juliette Francis supervised by MM, Y. Le Cunff (IRISA, Univ. Rennes), Q. Le Graverand (ENVT) Title: Intégration de données hétérogènes pour la prédiction de phénotype MATISSE, Université Rennes
Thesis:
2023 - 2026
Solène Pety supervised by MM, A. Rau (GABI, INRAE), I. David (GENPHYSE, INRAE) Title: Méthodes hologénomiques pour prendre en compte le microbiote de l’hôte dans les évaluations génétiques ABIES, Université Paris Saclay
Thesis:
2022 - 2025
Juliette Carpentier supervised by MM, C. Mougel (IGEPP, INRAE), S. Deroscles (ECOBIO, Univ. Rennes) Title: Le microbiote au coeur des interactions Brassica napus x Delia radicum. EGAAL, Université Rennes
Thesis:
2021 - 2022
Stéphane Béreux (now CTO of Jimini.ai) supervised by MM, M. Berland (MGP, INRAE), S. Fromentin (MGP, INRAE) Title: Modéliser et prédire les modifications microbiennes associées à l’émergence de maladies [dropped to create a startup]. EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2018 - 2020
Antoine Bichat (now at Spotlight Medical) supervised by MM, C. Ambroise (LaMME, UEVE), J. Plassais (Enterome) Title: Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles. EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2016 - 2019
Meryl Vila Nova (now at Anses) supervised by MM, N. Radomski (Anses), M.-Y. Mistou (Anses), P. Bessière (INRA) Title: Automatic method of bacterial typing by pangenome and allelic variants from high throughput sequencing Université Paris-Est,
Thesis:
2014 - 2017
Paul Bastide (now at MAP5) supervised by MM, S. Robin (INRA, AgroParisTech) Title: Processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l’évolution adaptative sur des phylogénies EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
Master's Students
2025
Youna Maillié supervised by MM, S. Pety (MaIAGE, INRAE), A. Rau (GABI, INRAE) Title: Ingénierie logicielle et généricité d’un cadre de simulation hologénomique transgénérationnelle, suivi d’une analyse des effets thermiques in silico sur l’holobionte bovin Master 2 AMI2B, Université Paris Saclay
Thesis:
2024
Juliette Francis supervised by MM, Y. Le Cunff (IRISA, Univ. Rennes), Q. Le Graverand (ENVT) Title: Explorations des méthodes d’intégration précoce (early integration) dans l'objectif de prédiction (ou de classification de catégories d’efficience alimentaire) Master 2 Bioinformatique, Université de Rennes
Thesis:
2019
Léonard Dubois supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA) Title: Benchmark in-silico des méthodes de détection d’abondance différentielle en métagénomique: Application au cas du microbiote intestinal Master 2 GENIOMHE, Université Paris Saclay
Thesis:
Clément Hardy supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA) Title: Exploration des méthodes d’analyse de données compositionnelles pour l’étude du microbiome Master 1 Mathématiques Appliquées, Université Paris Saclay
Thesis:
2017
Julie Lao supervised by MM, S. Schbath (MaIAGE, INRA) Title: Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystèmes microbiens à partir de données métagénomiques Master 2 , Université Paris Diderot
Thesis:
2014
Paul Bastide supervised by MM, S. Robin (MIA - AgroParisTech, INRA) Title: Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies. Master 2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant, Université Paris Saclay
Thesis:
2012
Adrien Pain supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA) Title: Mise au point d’un pipeline de typage bactérien par approche pangénomique Master 2 Biologie Informatique, Université Paris Diderot
Thesis:
2012
Camille Blin supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA) Title: Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques Master 2 Biosciences, ENS Lyon
Thesis: