Teaching and Supervising

Teaching

Bachelor level

2010-Present
Licence Frontières du Vivant
Centre de Recherche Interdisciplinaire
Mathématiques pour les Sciences du Vivant (50h / year)

Master Level

2015-2017
Master Ingénierie Statistique et Génomique
Université Paris Saclay
Modèle d'évolution (18h / year)

Supervising

PhD Students

2018 - 2020
Antoine Bichat
supervised by MM, C. Ambroise (LaMME, UEVE), J. Plassais (Enterome)
Title: Prise en compte de l’organisation hiérarchique des espèces pour la découverte de signatures métagénomiques multi-échelles.
EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:
2016 - 2019
Meryl Vila Nova
supervised by MM, N. Radomski (Anses), M.-Y. Mistou (Anses), P. Bessière (INRA)
Title: Automatic method of bacterial typing by pangenome and allelic variants from high throughput sequencing
Université Paris-Est,
Thesis:
2014 - 2017
Paul Bastide (now at KU Leuven)
supervised by MM, S. Robin (INRA, AgroParisTech)
Title: Processus stochastiques avec sauts sur arbres : application à l’évolution adaptative sur des phylogénies
EDMH, Université Paris Saclay
Thesis:

Master's Students

2019
Léonard Dubois
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA)
Title: Benchmark in-silico des méthodes de détection d’abondance différentielle en métagénomique: Application au cas du microbiote intestinal
Master 2 GENIOMHE, Université Paris Saclay
Thesis:
2018
Sana Zhagouani
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA)
Title: Fouille de données pour l'exploration du lien entre microbiote intestinal et santé
Ecole Supérieure de la Statistique et de l’Analyse de l’Information, Projet de Fin d'Étude
Thesis:
2018
Clément Hardy
supervised by MM, M. Berland (MGP, INRA)
Title: Exploration des méthodes d’analyse de données compositionnelles pour l’étude du microbiome
Master 1 Mathématiques Appliquées, Université Paris Saclay
Thesis:
2017
Julie Lao
supervised by MM, S. Schbath (MaIAGE, INRA)
Title: Comparaison de méthodes statistiques d'inférence de réseaux de co-occurences au sein d'écosystèmes microbiens à partir de données métagénomiques
Master 2 , Université Paris Diderot
Thesis:
2014
Paul Bastide
supervised by MM, S. Robin (MIA - AgroParisTech, INRA)
Title: Shifted stochastic processes evolving on trees : application to models of adaptive evolution on phylogenies.
Master 2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant, Université Paris Saclay
Thesis:
2012
Adrien Pain
supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA)
Title: Mise au point d’un pipeline de typage bactérien par approche pangénomique
Master 2 Biologie Informatique, Université Paris Diderot
Thesis:
2012
Camille Blin
supervised by MM, P. Bessière (MaIAGE, INRA)
Title: Étude de la diversité génétique de souches de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium Freudenreichii et lien avec leurs propriétés probiotiques
Master 2 Biosciences, ENS Lyon
Thesis: